Πρόδρομος του Εργαστηρίου είναι η τακτική Έδρα Υγιεινής και Μικροβιολογίας, που ιδρύθηκε με το Κανονιστικό Διάταγμα της 30ης Μαρτίου 1942. Με το Κανονιστικό Διάταγμα της 7ης Δεκεμβρίου 1942 η έδρα μετατράπηκε σε τακτική Έδρα Υγιεινής, στην οποία πρώτος καθηγητής εξελέγη και διορίστηκε ο Γρηγόριος Χατζηβασιλείου και όλοι οι Καθηγητές της Ιατρικής Σχολής απολύθηκαν, ως «διορισθέντες επί Κατοχής». Ακολούθησε η ανασυγκρότηση της Σχολής με τον Αναγκαστικό νόμο 361/1945, στο πλαίσιο της οποίας ιδρύθηκε με Βασιλικό Διάταγμα Έδρα Υγιεινής και Μικροβιολογίας.
Τακτικός Καθηγητής της Έδρας εξελέγη και διορίστηκε ο Γρηγόριος Χατζηβασιλείου, ο οποίος υπηρέτησε τη Σχολή μέχρι τον Αύγουστο του 1962, οπότε αποχώρησε λόγω συμπλήρωσης του ορίου ηλικίας.
Τον Οκτώβριο του1962 η Ιατρική Σχολή αποφάσισε την ανάθεση της προσωρινής Διεύθυνσης της κενής Έδρας από κοινού στον Καθηγητή της Πειραματικής Φαρμακολογίας Γεώργιο Λογαρά και στον Καθηγητή της Παθολογίας Ευθύμιο Παναγιωτόπουλο. Ο πρώτος ανέλαβε το διοικητικό σκέλος και τη διδασκαλία του μαθήματος της Υγιεινής και ο δεύτερος της Μικροβιολογίας.
Τον Φεβρουάριο του 1964 εκδόθηκε το Βασιλικό Διάταγμα 8/1964, με το οποίο καταργήθηκε η τακτική Έδρα της Υγιεινής και Μικροβιολογίας και αποφασίστηκε η ίδρυση, ταυτόχρονα, τακτικής Έδρας Υγιεινής και τακτικής έδρας Μικροβιολογίας.
Τον Μάρτιο του 1964 η Ιατρική Σχολή αποφάσισε την πλήρωση της κενής θέσης του Καθηγητή στην Έδρα της Υγιεινής και τον Ιούνιο του ιδίου έτους αποφάσισε την ανάθεση της προσωρινής Διεύθυνσης της και την εντολή διδασκαλίας του μαθήματος στον Καθηγητή της Πειραματικής Φαρμακολογίας Γεώργιου Λογαρά.
Κατά τη συνεδρίαση της Ιατρικής Σχολής στις 23 Μαΐου 1965 εξελέγη Καθηγητής της Έδρας ο Θεόδωρος Εδιπίδης, ο οποίος διορίστηκε τον Ιούλιο του ίδιου έτους και παρέμεινε στη θέση μέχρι θανάτου του το θέρος του 1981. Η Ιατρική Σχολή αποφάσισε την ανάθεση της προσωρινής Διεύθυνσης της Έδρας στον Καθηγητή της Μικροβιολογίας Ιωάννη Παπαπαναγιώτου, την οποία διατήρησε μέχρι την εκλογή του διαδόχου του Θεόδωρου Εδιπίδη, Καθηγητού Γεώργιου Παπαευαγγέλου το 1986.
Το 1983, με την κατάργηση του θεσμού της Έδρας, ονομάστηκε Εργαστήριο Υγιεινής, στο οποίο προσωρινός Διευθυντής ανέλαβε ο Καθηγητής της Μικροβιολογίας Ιωάννης Παπαπαναγιώτου.
Το 1988 ο Καθηγητής Γεώργιος Παπαευαγγέλου, υπέβαλε την παραίτησή του λόγω εκλογής του στο Ε.Κ.Π.Α. Ακολούθησε η ανάθεσή της προσωρινής διεύθυνσης του Εργαστηρίου πρώτα στον Καθηγητή Ιωάννη Παπαπαναγιώτου και στην συνέχεια στον Αν. Καθηγητή Περικλή Παπαβασιλείου μέχρι το 1990, οπότε ανέλαβε Διευθυντής ο Καθηγητής Βασίλειος Κατσουγιαννόπουλος.
Ο Καθηγητής Βασίλειος Κατσουγιαννόπουλος θήτευσε ως Διευθυντής επί 14 χρόνια μέχρι το 2004. Τον διαδέχθηκαν κατά σειρά οι Καθηγητές Ανθούλα Γρηγοριάδου-Γρανίτσα και Μαλαματένια Αρβανιτίδου Βαγιώνα.
Το 2017 το Εργαστήριο Υγιεινής μετονομάστηκε σε Εργαστήριο Υγιεινής, Κοινωνικής-Προληπτικής Ιατρικής και Ιατρικής Στατιστικής και απέκτησε νέο κανονισμό λειτουργείας που δημοσιεύθηκε σε Φ.Ε.Κ.
Από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 Διευθυντής του Εργαστηρίου ανέλαβε ο Καθηγητής Υγιεινής και Κοινωνικής Ιατρικής Θεόδωρος Ι. Δαρδαβέσης.